根据《中华人民国审计法》的，2006年12月至2007年3月，审计署对新闻出版总署2006年度预算执行和其他财政收支进行了审计，并抽审了7个所属单位。
新闻出版总署为中央财政一级预算单位，部门预算由总署本级和10个二级预算单位及项目执行单位的预算组成。
审计结果表明，新闻出版总署2006年预算收支基本符合国家有关预算和财经法规的，会计处理基本符合会计法、相关会计准则和会计制度的，进一步健全和完善了内部控制制度，制定了《新闻出版总署财务管理暂行》、《新闻出版总署国有资产管理暂行办法》及《软件正版化经费使用管理办法》等多项管理办法，加强了项目经费管理。但审计也发现一些需要加以纠正和改进的问题。
1996至2006年，新闻出版总署将扫黄打非专项资金2010万元在暂存款挂账，未纳入预算收入管理。截至2006年底，该项资金余额875.4万元。
2005年底，新闻出版总署以前年度财政资金结余899.78万元(其中净结余520.81万元)。至审计时，上述资金未纳入部门预算安排使用。
(三)未按项目进度申报换发记者证、报刊出版许可证项目支出预算，造成专项资金结余467万元，其中62.19万元被挪用。
财政部2003年批复新闻出版总署换发记者证、报刊出版许可证项目预算450万元。在该项目拨款当年结余252.76万元的情况下，新闻出版总署2004年又向财政部申请该项目预算450万元。截至2006年底，该项目资金实际结余467万元，其中有62.19万元在2005年被挪用于建设中国记者网等。
(四)未按项目进度申报新闻出版行业监管和服务信息系统基本建设项目支出预算，造成1650.58万元财政资金闲置。
2005年，新闻出版总署新闻出版行业监管和服务信息系统基本建设项目支出预算1500万元，因项目未开工，全部形成结余；2006年，新闻出版总署又申请该项目预算200万元，支出49.42万元。截至2006年底，该项目经费累计结余1650.58万元。
1996年4月至2000年底，原新闻出版署向全国新闻出版企业等单位筹集资金918.2万元，用于资助出版少数民族优秀图书。截至2006年底，筹集的这项资金累计1111.6万元(含利息193.4万元)存放在人民出版社，未纳入新闻出版总署账内核算。该项资金中，已有335万元用于资助47个民族出版社的72个少数民族图书出版项目，尚有余额776.6万元。
2002年初，宣传文化发展专项资金实际结余1.46亿元，但新闻出版总署当年向财政部该项资金结余1.14亿元，少报3178.98万元。
截至2006年底，新闻出版总署本级有以前年度10个已完工基本建设项目财政拨款净结余428.53万元，未进行处理。
2002至2004年，未经有关部门批准，新闻出版总署6个业务司局分别委托电子工业出版社等单位建成中国图书出版网等6个网站，其主要功能均是发布政务信息和行业动态等，存在重复建设问题。其中4个网站提供一些有偿信息服务。据受托建设单位提供的资料，截至2006年底，6个网站建设及运行费用1807.8万元，其中财政拨款203.8万元，通过收取会员费、技术服务费等方式筹集资金666万元，受托建设单位支付938万元。
截至2006年底，该中心尚有应缴费247.34万元、检测费157.77万元，未及时收回上缴国库。
对上述问题，审计署已按照国家法律、法规的，及时出具了审计报告，下达了审计决定书。对扫黄打非经费未纳入预算收入管理、以前年度财政资金结余未纳入预算安排使用的问题，要求纳入下一年度预算统筹安排使用；对未按项目进度申报项目预算造成资金闲置和挪用的问题，要求追回被挪用资金，归还原资金渠道，今后对申报的项目要进行严格审核；对筹集资金未纳入本单位账内核算的问题，要求收回资金余额纳入预算统一管理；对少报宣传文化发展资金的问题，要求重新报财政部审批；对基本建设资金结余未处理的问题，要求按处理；对重复建设网站的问题，要求清理并停止有偿服务；对新闻出版总署条码中心应缴未缴行政事业性收费的问题，要求及时催收上缴。
针对审计发现的问题，审计署：新闻出版总署应加强项目预算申报、审批、执行、考核各环节的管理，严格执行行政审批程序，规范行政事业性收费项目管理。
新闻出版总署在审计前开展了自查，并纠正了自查发现的问题。对这次审计发现的问题，新闻出版总署高度重视，要求有关单位认真听取审计意见，制定相关的整改措施和规章制度，并要求各单位强化依财、依法行政观念，对违反的要予以纠正，对不规范的要尽快进行规范。对扫黄打非经费未纳入预算收入管理、以前年度财政资金结余未纳入预算安排使用的问题，将纳入2008年预算安排使用；对未按项目进度申报预算造成专项资金闲置的问题，表示今后将加强项目审核，避免类似问题的发生；对挪用专项资金的问题，正在申请资金归还；对筹集资金未纳入账内核算的问题，已将资金余额收回到机关财务纳入预算统一管理；对少报宣传文化发展资金的问题，已与财政部沟通，并将报财政部审批；对基本建设项目财政拨款结余的问题，正在按照财政部和国管局的要求履行相关程序；对重复建设网站的问题，正在进行清理，已停止有偿服务；对新闻出版总署条码中心应缴未缴行政事业性收费的问题，已收回上缴财政。
此外，对审计发现的少数管理不规范等问题，审计署另行出具了审计函，新闻出版总署已进行了整改。梦见亲人生病
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